广东省科学院微生物研究所80年代初开始招收和培养研究生，已有30多年研究生培养经验。2005年研究所和华南理工大学联合申报微生物学博士点获得成功，现有博士生导师6名，硕士生导师32名。目前研究所与中科院华南植物园、中科院广州化学研究所、上海交通大学、华南理工大学、合肥工业大学、广东工业大学、暨南大学、华南农业大学、江西农业大学、西南大学、江南大学、陕西科技大学等科研院所和高校联合培养研究生。已建立起较完善的包括研究生教育的人才培养和引进机制，逐步形成层次分明、结构合理、创新能力较强的人才队伍，近十年来共培养了硕士研究生124名，博士研究生51名，目前在读博士和硕士研究生90人。

      2017年5月31日，广东省教育厅与广东省科学院签署战略合作框架协议，省教育厅将支持省内高校与省科学院各研究所合作，整合双方的人才、平台、信息、工程化设施和仪器设备等创新资源，共建研究生联合培养示范基地。