微生物是地球上最为庞大的物种资源和基因资源，对人口健康、工业制造、农业生产和环境保护等具有不可替代的作用。据统计，微生物资源超过1000万种，但目前人类所认知的不到总数的10%，被利用的不到1%，潜力巨大。华南地处亚热带地区，面向太平洋，毗邻南海，气候高温潮湿，孕育了丰富的微生物资源，是挖掘利用的天然宝库。

省部共建华南应用微生物国家重点实验室是在广东省华南应用微生物国家重点实验室培育基地的基础上组建的，是广东省“双十”产业集群科技创新的重要支撑平台。2013年5月17日，由科技部和广东省人民政府联合下发正式通知，批准建设。实验室根据国家和本地区社会发展、国民经济建设的战略需求以及现代微生物应用技术研发的规律和发展趋势，按照前瞻性、先进性、应用性的原则，设立以下研究方向：

方向一：热带亚热带微生物资源与利用

系统开展华南微生物资源多样性研究，建立特色的专业菌种资源库和基因信息库，包括华南地区特色真菌标本馆、南方微生物资源保藏中心和中国专利菌种南方保藏中心；开展经济微生物资源的分子选育、发酵、驯化栽培及其天然活性产物利用研究。

方向二：环境微生物与区域生态安全

系统开展环境保护微生物生理生态学研究，重点探索全球环境变化条件下重要元素生物地球化学循环的微生物驱动机制、持久性污染物的微生物强化降解机制；建立化学品生态安全评估新方法体系；构建环境污染生物治理及资源化利用成套技术与装备。

方向三：有害微生物监测与防控

系统研究有害微生物污染状况及分布规律，建立致病微生物资源与基因信息大科学数据库；深入探讨有害微生物的群体感应机理、抗逆性机制、耐药性和抗药性的控制机理、消毒剂和防腐剂的杀菌抑菌机理；建立有害微生物快速检测及高效控制新技术。

近年来实验室在重大项目、高影响论文、高水平成果等方面均取得丰硕成果。获批各类项目290项，总经费48169万元，其中主持国家重点研发专项项目3项，参与6项，主持国家自然科学基金重大项目、重点项目等53项；发表SCI论文487篇，其中一区论文94篇；申请发明专利320件，授权发明专利109件；获得中国专利优秀奖3件，省部级一等奖4项；利用专有技术，制修订国家及行业标准42项，服务60000多家企事业单位。

重点实验室紧紧围绕国家对应用微生物学重大需求，通过承担一系列中国工程院重大咨询项目，集聚国内外300多名知名专家建议，牵头制定了国家微生物种业重大专项规划、食品微生物制造与安全重大专项规划，并牵头成立了国家微生物种业产业技术创新联盟，目前正在制定中国微生物产业发展战略；同时以院士建议和人大建议的形式，向国家有关部委提交了《建设中国食品微生物安全科学数大据库》、《关于加快建设微生物安全与健康国家技术创新中心的建议》、《关于建设“中国微生物菌种基因与生物安全大科学装置”的建议》等一系列建议和意见，并得到了积极回复，为我国应用微生物研究提供了新的战略支撑，为重点实验室下一步的发展奠定了良好的基础。