菌种保藏病原菌的致病物质可分为毒素和侵袭力两大类。毒素对宿主有毒，能直接破坏机体的结构和功能。侵袭力本身无毒性，但能突破宿主机体的生理防御屏障，并可在机体内生存下来（医学上称为定殖）、繁殖和扩散。如果把毒素当作“元凶”，那侵袭力就是“帮凶”。
根据性质、作用和产生菌的不同，病原菌的毒素分为外毒素和内毒素两种。下面的表格列出了细菌外毒素和内毒素的主要区别。　
下面是常见的病原菌中的致病物质。

一、葡萄球菌属主要的致病物质
1.凝固酶（coagulase）：增强细菌抗吞噬细胞的吞噬作用。
2.葡萄球菌溶血素（staphylolysin）：能破坏多种细胞的细胞膜，故又称为溶细胞毒素。
3.杀白细胞素（leukocidin）：可杀伤中性粒细胞和巨噬细胞。
4.肠毒素（enterotoxin）：引起急性胃肠炎（食物中毒）。
5.表皮溶解毒素（exfoliativetoxin）：裂解表皮组织棘状颗粒层，导致表皮与真皮脱离。
6.毒性休克综合征毒素-1（toxicshocksyndrometoxin1，TSST-1）：抑制内毒素脱毒；刺激单核吞噬细胞释放血管活性物质。
7.葡萄球菌表面蛋白A（staphylococcalproteinA，SPA）：可与IgG抗体Fc段非特异性结合，竞争性抑制吞噬细胞对细菌的吞噬作用。　
二、链球菌属主要的致病物质
⒈链球菌溶血素（streptolysin）：链球菌溶血素O（streptolysinO，SLO），链球菌溶血素S（streptolysinS，SLS）。
⒉致热外毒素（pyrogenicexotoxin）：又称红疹毒素，是猩红热的主要毒性物质。
⒊透明质酸酶（hyaluronidase）：促进细菌扩散。
⒋链激酶（streptokinase）：促进细菌扩散。
⒌链道酶（streptodonase）：促进细菌扩散。
⒍M蛋白（Mprotein）：抗吞噬、引起机体变态反应。
⒎脂磷壁酸（leipoteichoicacid，LTA）：细胞表面有脂磷壁酸受体，与细菌细胞壁中脂磷壁酸结合，促进链球菌粘附易感细胞。

三、肺炎球菌属致病物质
1.荚膜：增强肺炎球菌抗吞噬能力。
2.肺炎球菌溶血素（pneumolysinO）
3.紫癜形成因子：皮肤紫癜、出血。
四、脑膜炎奈瑟菌致病物质：
1.荚膜：增强细菌抗吞噬细胞的吞噬作用。
2.菌毛：增强细菌粘附于易感细胞的表面内毒素：引起发热及低血压性休克

五、淋病奈瑟菌致病物质
1.荚膜：增强抗吞噬细胞吞噬。
2.菌毛：粘附于易感细胞表面。
3.IgA1蛋白酶：破坏粘膜表面IgA1 。

六、肠产毒性大肠杆菌（enterotoxigenicE.coli，ETEC）主要致病物质：肠毒素（外毒素）、菌毛　
七、肠侵袭性大肠杆菌（enteroinvasiveE.coli，EIEC）主要致病物质：内毒素、菌毛
八、肠致病型大肠杆菌（enteropathogenicE.coli，EPEC）主要致病物质：内毒素、菌毛　
九、肠出血型大肠杆菌（enterohemorrhagicE.coli，EHEC）主要致病物质：Vero毒素、溶血素、内毒素、菌毛　
十、志贺菌属致病物质
1.菌毛：粘附回肠末端及结肠粘膜上皮细胞。
2.志贺毒素：对细胞有毒性，同时可引起腹泻。
3.内毒素：毒性强烈，是志贺菌主要致病物质。　　
十一、沙门菌属致病物质
1.Vi抗原：抗吞噬细胞吞噬作用。
2.肠毒素：外毒素。
3.内毒素：体温升高，白细胞数下降、休克。菌种